《超二級結(jié)構(gòu)域四級.ppt》由會員分享，可在線閱讀，更多相關(guān)《超二級結(jié)構(gòu)域四級.ppt（65頁珍藏版）》請在裝配圖網(wǎng)上搜索。
1、 希 臘 鑰 匙 拓 撲 結(jié) 構(gòu) EF手 ： 鈣 結(jié) 合 蛋 白 中 ， 含 有 Helix-Loop- Lelix結(jié) 構(gòu)鋅 指 ： DNA結(jié) 合 蛋 白 中 ， 2個 His、 2個 Cys結(jié) 合 一 個 Zn亮 氨 酸 拉 鏈 ： DNA結(jié) 合 蛋 白 中 ， 由 亮 氨 酸 倒 鏈 形 成 的 拉 鏈 式 結(jié) 構(gòu) ， 兩 個 簡 單 的 常 見 基 序 ， 可 產(chǎn) 生 兩 層 二 級 結(jié) 構(gòu) 。 二 級 結(jié) 構(gòu) 單 元界 面 之 間 的 氨 基 側(cè) 鏈 是 遠 離 水 的 。 鏈 傾 向 于 以 右 手 形 式 扭 曲 。 片 層 結(jié) 構(gòu) 中 鏈 間 的 連 接 ， 沒 有 扭 曲 。
2、因 為 鏈 扭 曲 ，鏈 間 的 連 接 通 常 是 右 手 方 向 的 抗體分子中結(jié)構(gòu)域示意圖 桶一 種 細 菌 的 溶 血 素 的 一個 結(jié) 構(gòu) 域 扭 曲 的 折 疊 片 層 鏈 的 兩 種 排 列 是 由 這 些 鏈 的 扭 曲 趨 勢 來 穩(wěn) 定光 解 酶 的 一 個 結(jié) 構(gòu) 域 肌 鈣 蛋 白 C的 結(jié) 構(gòu) 域 兩 個 分 離 的 鈣 結(jié) 構(gòu) 域 - 螺 旋 域 ： 結(jié) 構(gòu) 域 中 的 結(jié) 構(gòu) 單 位 主 要 是 - 螺 旋 。 例 如 ： 木 瓜 蛋 白 的 結(jié) 構(gòu) 域 1。 折 疊 域 ： 結(jié) 構(gòu) 域 中 的 結(jié) 構(gòu) 單 位 主 要 是 折 疊 域 。 木 瓜 蛋 白 的 結(jié)
3、構(gòu) 域 2. 域 ： 由 - 螺 旋 和 折 疊 不 規(guī) 則 堆 積 而 成 。 乳 酸 脫 氫 酶 結(jié) 構(gòu) 域 2 / 域 ： 中 央 是 折 疊 ， 周 圍 是 - 螺 旋 ， - 螺 旋 與 折 疊 交 替 排 布 。 乳 酸 脫 氫 酶 結(jié) 構(gòu) 域 2無 - 螺 旋 域 和 折 疊 域 ： 不 具 有 或 少 量 的 - 螺 旋 和 折 疊 。 如 ， 麥 胚 凝 集 素 。 全 是 折 疊 的 典 型 連 接 交 叉 連 接 （ 未 看 到 ） 折 疊 股 之 間 的 右 手 連 接折 疊 股 之 間 的 左 手 連 接 （ 非 常 少 見 ） 細 菌 （ Staphyococus
4、aureus ） -溶 血 素 的 一 個 結(jié) 構(gòu) 域桶 常 見 的 序 列 環(huán) 重 復(fù) 基 序 球 狀 蛋 白 質(zhì) 全 -結(jié) 構(gòu) （ 反 平 行 螺 旋 ） 結(jié) 構(gòu) 全 折 疊 （ 反 平 行 折 疊 片 ）富 含 金 屬 或 二 硫 鍵（ 小 的 不 規(guī) 則 ） /結(jié) 構(gòu) POB標 識 符折 疊超 家 族家 族蛋 白 質(zhì)物 種POB標 識 符 ： la06折 疊 :血 清 蛋 白 超 家 族 ： 血 清 蛋 白家 族 ： 血 清 蛋 白蛋 白 質(zhì) ： 血 清 蛋 白物 種 ： 人 POB標 識 符 ： 1bef折 疊 :類 鐵 蛋 白 狀超 家 族 ;類 鐵 蛋 白家 族 ： 鐵 蛋 白蛋
5、 白 質(zhì) ： 細 菌 鐵 蛋 白物 種 ： 大 腸 桿 菌 POB標 識 符 ： 1gai折 疊 : /復(fù) 曲 面超 家 族 ： 超 螺 旋 折 疊 的 糖 基 轉(zhuǎn) 移 酶家 族 ： 葡 糖 淀 粉 酶蛋 白 質(zhì) ： 葡 糖 淀 粉 酶物 種 ： 曲 霉 變 種 POB標 識 符 ： 1enh折 疊 :DNA結(jié) 合 的 3螺 旋 束超 家 族 ： 同 源 域 類家 族 ： 同 源 域蛋 白 質(zhì) ： 鋸 齒 狀 同 源 域物 種 ： 果 蠅 POB標 識 符折 疊超 家 族家 族蛋 白 質(zhì)物 種在 網(wǎng) 上 很 容 易 通 過 SCOP數(shù) 據(jù) 庫 獲 取 結(jié) 構(gòu) 分 類 數(shù) 據(jù)POB身 份 號 是
6、 蛋 白 質(zhì) 數(shù) 據(jù) 庫 中 分 給 每 種 結(jié) 構(gòu) 的 一 個 號 碼 POB標 識 符折 疊超 家 族家 族蛋 白 質(zhì)物 種 POB標 識 符折 疊超 家 族家 族蛋 白 質(zhì)物 種 煙 草 花 葉 病 毒 ,桿 狀 病 毒 （ 電 鏡 ） 螺 旋 對 稱2130個 相 同 亞 基 組 成 的 右 手 螺 旋 纖 維 。 n 血 紅 蛋 白 的 四 個 亞 基 疏 水 作 用 氫 鍵 離 子 鍵 范 德 華 力 360o軸 次 環(huán) 狀 點 群 對 稱 二 面 體 點 群 對 稱 煙 草 花 葉 病 毒 螺 旋 對 稱 脊 髓 灰 質(zhì) 炎 病 毒 外 殼 蛋 白 二 十 面 體 旋 轉(zhuǎn) 對 稱
7、 5 化 學(xué) 因 素 ： 酸 、 堿 、 有 機 溶 劑 、 表 面 活 性 劑 、 尿 素 、 鹽 酸 胍 、 三 氯 乙 酸 、 磷 鎢 酸 、 水 楊 酸 等 物 理 因 素 ： 熱 (60-70 )、 紫 外 光 、 超 聲 波 、 x射 線 、 高 壓 、 表 面 張 力 、 劇 烈 振 蕩 、 攪 拌 、 研 磨 5.有 機 溶 劑 的 影 響 ： 可 能 影 響 靜 電 力 ， 氫 鍵 和 疏 水 作 用 ， 從 而 阿 導(dǎo) 致 構(gòu) 象 變 化 。主 要 表 現(xiàn) 是 螺 旋 度 增 加 。 模 擬 的 折 疊 途 徑 通 過 計 算機 模 擬 一 個 36個 殘 基 亞 結(jié)構(gòu) 域
8、 的 蛋 白 質(zhì) 的 折 疊 途 徑 。該 過 程 以 無 規(guī) 卷 曲 的 肽 鏈 和它 周 圍 3 000 個 水 分 子 組成 的 虛 擬 “ 水 箱 ” 開 始 。 ，在 無 數(shù) 種 可 能 性 中 ， 對 到 達最 終 結(jié) 構(gòu) 最 有 可 能 采 取 的 途徑 做 圖 時 ， 考 慮 了 肽 鏈 的 分子 運 動 和 水 分 子 的 效 果 。 模擬 折 疊 發(fā) 生 的 理 論 時 間 跨 度為 1s然 而 ， 計 算 卻 需 要在 兩 臺 Cray 計 算 機 上 進行 5億 個 整 合 步 驟 ， 每 臺 連續(xù) 運 行 兩 個 月 。 （ 四 ） 折 疊 過 程 的 能 量 變 化
9、 熱 力 學(xué) 將 蛋 白 質(zhì) 折 疊 描 述 為一 個 自 由 能 漏 斗 漏 斗 頂 端 ,構(gòu) 象 數(shù)多 ,構(gòu) 象 熵 較 高 ,天 然 構(gòu) 象少 部 分 存 在 .隨 著 折 疊 進 行 ,沿 漏 斗 向 下 熱 力 學(xué) 途 徑 減 少了 存 在 的 構(gòu) 象 數(shù) ,(熵 值 降 低 ),天然 構(gòu) 象 蛋 白 質(zhì) 數(shù) 量 增 多 ,自 由 能 降低 .漏 斗 兩 側(cè) 的 凹 陷 代 表 亞 穩(wěn) 定 的折 疊 中 間 體 ,在 某 種 情 況 下 可 能 減慢 折 疊 過 程 . 螺 旋 開 始 形 成 及 開 始 瓦 解熵 蛋 白 質(zhì) 分 子 中 處 于天 然 構(gòu) 象 的 殘 基 所 占百 分 比 不 連 續(xù) 折 疊中 間 體天 然 態(tài) 結(jié) 構(gòu)熔 球 態(tài) 蛋 白 質(zhì) 折 疊 中 分 子 伴 侶 的 作 用核 苷 酸 交 換 因 子 刺 激 ADP釋 放 陪 伴 蛋 白 蛋 白 質(zhì) 折 疊 中 陪 伴 蛋 白 的 作 用 反 式 (99.95%) 順 式
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