蛋白質二級結構預測.ppt

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第3章蛋白質序列分析,3.1蛋白質一級結構分析3.2蛋白質結構特性分析3.3蛋白質功能特性分析3.4蛋白質二級結構預測3.5蛋白質三級結構預測,3.4蛋白質二級結構預測,,,,,,,,,,,,,,164,預測目的：看一看所提交的蛋白質序列在哪里會形成α-螺旋和β-折疊？現(xiàn)階段：準確率不高。,,,3.4.1SOPMA,網址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html,,,2)Clickhere.,,1)Pasteyoursequencehere.,Example3-23,對下面的蛋白質序列做二級結構預測分析MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ,,ResultofSOPMA(1/2),ResultofSOPMA(2/2),3.4.2PredictProtein(1/6),,,,,,,,,,,,,,166,網址：http://www.predictprotein.org/,,,Clickhere,,PredictProtein(2/6),swjs@8879705988797059,ShengwuJishu,,Thenclickhere,PredictProtein(3/6),,Clickhere,,PredictProtein(4/6),swjs@88797059,,Thenclickhere,PredictProtein(5/6),,Clickhere,,PredictProtein(6/6),Study1,,Thenclickhere.,,Pasteyoursequencehere.,Example3-24,,,,,,,,,,,,,,165,對下面的序列進行二級結構預測分析。MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ,,Wait...(about5minutes),,Clickhere,Toreceiveyouremail,,將該網址復制后粘貼到網頁瀏覽器中打開,預測結果目錄,圖3.87對序列進行PROSITE搜索,,,,,蛋白激酶C磷酸化位點S/T-R/K,酪蛋白激酶II磷酸化位點S/T--D/E,酪氨酸激酶磷酸化位點,十四烷?；稽c,圖3.88SEG搜索的低復雜度序列,,,,,是指編碼這些氨基酸的DNA序列為低復雜度序列,圖3.89ProDom搜索結果,PSI-BLAST搜索結果,圖3.90以MSF格式顯示比對(1/2),圖3.90以MSF格式顯示比對(2/2),圖3.91PROF預測結果（普通）,AA:氨基酸OBS_sec:二級結構的觀測值PROF_sec:預測的二級結構Rel_sec:預測二級結構的可信度SUB_sec:預測的二級結構的集合H:螺旋E:折疊L:隨機卷曲O_3_acc:相對親水表面的觀測值P_3_acc:預測的相對親水表面(b=0~9%,i=9%~36%,e=36%~100%)Rel_acc:預測親水表面的可信度SUB_sec:預測的親水表面的集合,PROF預測結果（詳細）,圖3.92球蛋白預測,Practice,,把剛才課堂上講的內容練習一遍。,,Summary,SOPMAPredictProtein,SOPMA,網址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html,,,2)Clickhere.,,1)Pasteyoursequencehere.,PredictProtein,,,,,,,,,,,,,,166,網址：http://www.predictprotein.org/,,,Clickhere,,